Analýza molekulárnej variancie
Analýza molekulárneho rozptylu (alebo molekulárnej variancie, skratka AMOVA z angl. Analysis of molecular variance) je štatistický model slúžiaci na hodnotenie molekulárnej variability zvyčajne v rámci biologického druhu.[1] Názov a model sú inšpirované metódou ANOVA. Metódu v roku 1992 vyvinuli Laurent Excoffier, Peter Smouse a Joseph Quattro na Rutgersovej univerzite.[1]
Po vyvinutí metódy AMOVA vytvoril Excoffier počítačový program na vykonávanie týchto analýz. Tento program funguje v operačnom systéme Windows, nazýva sa Arlequin a je voľne dostupný na Excoffierovej webovej stránke. Existujú aj implementácie v jazyku R v balíkoch ade4 a pegas, ktoré sú dostupné v repozitári CRAN (Comprehensive R Archive Network). Ďalšia implementácia sa nachádza v programe Info-Gen, ktorý takisto funguje v systéme Windows.
Ďalší bezplatný štatistický balík GenAlEx[2] je zameraný na výučbu aj výskum a umožňuje vykonávať a porovnávať komplexné genetické analýzy priamo v bežne používanom rozhraní programu Microsoft Excel. Tento softvér umožňuje výpočet analýz, ako je AMOVA, ako aj porovnanie s inými typmi úzko súvisiacich štatistík vrátane F-štatistík či Shannonovho indexu.
Referencie
[upraviť | upraviť zdroj]- 1 2 Excoffier, L.; Smouse, P. E.; Quattro, J. M. (1992). "Analysis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: application to human mitochondrial DNA restriction data". Genetics, 131(2): 479–491.
- ↑ Peakall, R.; Smouse, P. E. (2012). GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research—an update. Bioinformatics, 28, 2537–2539.
Externé odkazy
[upraviť | upraviť zdroj]Zdroj
[upraviť | upraviť zdroj]Tento článok je čiastočný alebo úplný preklad článku Analysis of molecular variance na anglickej Wikipédii.