Kunagi eksisteeris Riukiu kuningriik, mis hõlmas kogu saarestiku. 1372 muutus see riik Mingi dünastia maksualuseks.
1609 ründas saarestikku Satsuma isand Shimazu Tadatsune koos 2500 samuraiga, kehtestades saartel oma ülemvõimu. Riukiulastel puudus märkimisväärne sõjavägi ja -kogemus ning nende kuningas Shō Nei pidas inimelude säästmiseks paremaks alistuda.[1] Riukiu hakkas maksma andamit nii Jaapanišogunile kui ka Hiina keisrile.
1879 kuulutas Jaapan Meiji reformide käigus Riukiu saared enda omaks. Riukiu kuningas saatis saadikud Pekingisse palvega mitte eraldada Riukiu saari Hiinast. Hiina võimud palusid vahekohtunikuks Suurbritannia, kes kohalike soove arvestamata otsustas Jaapani kasuks. Ülevõtmise käigus hukkas Jaapan poliitikuid ja tsiviliste, kes sellele vastu olid. Koolides keelati kohaliku keele kasutamine, kogu õpe pidi toimuma jaapani keeles. Esialgu allusid Riukiu saared Satsumale, pärast loodi eraldi Okinawa prefektuur. Tänapäeval on see Jaapani kõige vaesem prefektuur.
Rängalt mõjus Riukiu saartele Teine maailmasõda. Riukiu saared oli ainus Jaapani osa, mis okupeeriti. Seal on tänapäevani USA sõjaväebaas.